NVIDIA Home > Список продуктов > Высокопроизводительные вычислительные решения > CUDASW++ на Tesla GPU

CUDASW++ на Tesla GPU

CUDASW++ - это ПО для работы в области био-информатики, применяемое для поиска в базах данных о белках по методу Смита-Уотермана, позволяющее воспользоваться всеми преимуществами массивно параллельной архитектуры CUDA в графических процессорах NVIDIA Tesla и обеспечивающее прирост скорости поиска последовательностей в 10-50 раз по сравнению с NCBI BLAST. CUDASW++ поддерживает запросы длиной до 59 КБ.

Закачка и установка

• Скачать CUDASW++
• Описание выпуска CUDASW++ (Руководства пользователя и по установке)

Данные бенчмарк тестов

CUDASW++ позволяет использовать преимущества работы с несколькими Tesla GPU и получить прирост скорости обработки данных в 10-50 раз по сравнению с NCBI BLAST, поддерживая до 30 GCUP на длину запроса вместо 5000. Поскольку BLAST представляет собой эвристический алгоритм, CUDASW++ выполняет оптимальное местное выравнивание при помощи алгоритма Смита-Уотермана.

Технические документы

• "CUDASW++: оптимизация поиска в базе данных последовательностей методом Смита-Уотермана при использовании графических процессоров с поддержкой CUDA, В. Лию (Y. Liu), Д. Маскелл (D. Maskell), Б. Шмидт (B. Schmidt): Документация к исследованию BMC 2009, 2:73
• Другие публикации, посвященные ускорению приложений в области био-информатики при помощи GPU

Форумы и обсуждения

• Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ

Конфигурация настольного компьютера	Конфигурация центра обработки данных
GPUs 2 вычислительный Tesla C1060 GPU CPU и основная память 2.33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB основной памяти на каждый Tesla C1060 GPU)	Не применимо (CUDA версия SW++ пока не поддерживает MPI)

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом Подробнее >		РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU Для вычислений на массивных установках Подробнее >