NAMD на Tesla GPU

Команда разработчиков из Университета штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн (UIUC) работает над обеспечением CUDA-ускорения в NAMD с 2007 года. Разработчики провели серию экспериментов по масштабированию на Линкольн (Linconl) кластере NCSA, основанном на решениях Tesla и доказали, что 4 графических процессора Tesla могут превзойти кластер из 16 четырехядерных CPU.

Закачка и установка

• Скачать бинарные файлы бета-версии 2 NAMD 2.7(веб-сайт Университета штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн)
• Описание выпуска

Данные бенчмарк тестов

NAMD отлично масштабируется при работе с кластером Tesla GPU, как показывают результаты, предоставленные ниже.

Данные предоставлены Группой теоретической и вычислительной биофизики, UIUC

Технические документы

Несколько документов, посвященных GPU-ускорению NAMD и VMD доступны на сайте UIUC.
Более подробную информацию об ускорении приложений для вычислений молекулярной динамики при помощи CUDA вы найдете на странице NVIDIA о молекулярной динамике.

Презентации

• Publications and presentations on GPU acceleration in VMD and NAMD by Klaus Schluten’s Group
• Discussion of VMD and NAMD from SC09: Accelerating Molecular Modeling Applications with GPU Computing - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
• Discussion of VMD and NAMD from 2009 GPU Technology Conference: GPU Accelerated Visualization and Analysis in VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign

Форумы и обсуждения

• Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

• SC09 BLOG on NVIDIA nTersect: Studying the H1N1 Virus using NVIDIA GPUs
• SC08 Interview of James Phillips, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом Подробнее >		РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU Для вычислений на массивных установках Подробнее >