NVIDIA Home > Список продуктов > Высокопроизводительные вычислительные решения > MUMmerGPU на Tesla GPU

MUMmerGPU на Tesla GPU

MUMmerGPU - это ПО для работы в области био-информатики, применяемое для высокопроизводительного выравнивания последовательностей при помощи GPU. Приложение позволяет ускорять выравнивание последовательностей множественных запросов с использованием примера одиночной последовательности благодаря возможностям массивно параллельной архитектуры CUDA на графических процессорах NVIDIA.

Закачка и установка

• Скачать MUMmerGPU
• Инструкции по установке находятся в скачиваемой папке

Данные бенчмарк тестов

MUMmerGPU (версия 2.0) обеспечивает ускорение работы в 3-4 раза по сравнению с работой MUMmer на CPU. Предоставленные на диаграмме ниже данные основаны на MUMmerGPU версии 1.0 и вскоре будут обновлены.

Данные предоставлены Университетом штата Мэриленд

Техническая документация и презентации

• "Высокопроизводительное выравнивание последовательностей при помощи графических процессоров", М. Шатц и другие (M. Schatz et al.): журнал BMC Bioinformatics 2007
• "Оптимизация требовательных к данным GPGPU вычислений для выравнивания последовательностей ДНК", С. Трапнел (C. Trapnell), М. Шатц (M. Schatz): Parallel Computing Aug 2009
• Другие публикации, посвященные ускорению приложений в области био-информатики при помощи GPU

Форумы и обсуждения

• Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ

Конфигурация настольной рабочей станции	Конфигурация центра обработки данных
GPUs 1 Tesla C1060 GPU (CUDA версия MUMmer пока поддерживает только один GPU) CPU и основная память 2.33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB памяти на Tesla C1060 GPU)	Не применимо (CUDA версия MUMmer не поддерживает MPI)

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом Подробнее >		РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU Для вычислений на массивных установках Подробнее >