NVIDIA Home > Список продуктов > Высокопроизводительные вычислительные решения > CUDA-MEME на Tesla GPU

CUDA-MEME на Tesla GPU

CUDA-MEME – это ПО для обнаружения мотивов на основе MEME (версия 3.5.4), ускоряющее MEME благодаря использованию преимуществ параллельной архитектуры вычислений CUDA в графических процессорах NVIDIA Tesla.

Загрузка и установка

• Скачать CUDA-MEME
• Инструкция по установке и руководство пользователя находятся в скачиваемой папке

Данные тестов производительности

Приложение CUDA-MEME, запущенное на одном Tesla C1060 GPU, обеспечивает прирост скорости обработки данных в 23 раза по сравнению с MEME, запущенным на x86 CPU. Благодаря этому вместо часов на CPU вы затрачиваете минуты при работе с GPU. Предоставленные на диаграмме ниже данные относятся к OOPS (одно появление в последовательности) модели для 4 наборов данных.

Техническая документация

• "CUDA-MEME: Ускорение обнаружения мотивов в биологических последовательностях при помощи графических процессоров с поддержкой CUDA, В. Лию (Y. Liu), Б. Шмидт (B. Schmidt), У. Лию (W. Liu), Д. Маскелл (D. Maskell): Письма об обнаружении шаблонов, октябрь 2009
• "GPU-MEME: Использование графического аппаратного обеспечения для ускорения поиска мотива в последовательностях ДНК, К. Чен и другие (C. Chen et al), Записки к лекциям в области компьютерных наук, Том 5265, 2008
• Другие публикации, посвященные ускорению приложений в области био-информатики при помощи GPU

Discussion Forums

• Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ

Конфигурация настольной рабочей станции	Конфигурация центра обработки данных
GPUs 1 Tesla C1060 GPU (CUDA версия MEME пока поддерживает только один GPU) CPU и основная память 2.33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB памяти на Tesla C1060 GPU)	Не применимо (CUDA версия MEME не поддерживает MPI)

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом Подробнее >		РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU Для вычислений на массивных установках Подробнее >