NVIDIA Home > Список продуктов > Высокопроизводительные вычислительные решения > GROMACS на Tesla GPU

GROMACS на Tesla GPU

GROMACS представляет собой пакет для работы с молекулярной динамикой, предназначенный прежде всего для моделирования биохимических молекул, таких как белки, липиды и нуклеиновые кислоты, связанных сложными взаимодействиями. CUDA версия GROMACS с GPU ускорением доступна в бета варианте уже сегодня и поддерживает стице-ячеечной суммы Эвальда (Particle-Mesh-Ewald (PME)), произвольные формы несвязывающих взаимодействий и неявное решение обобщенных методов Борна.

Закачка и установка

• Бета-версия ПО GROMACS с поддержкой CUDA
• Описание выпуска GROMACS OpenMM и инструкции по установке

Данные бенчмарк тестов

На данный момент CUDA версия GROMACS поддерживает один GPU и обеспечивает следующие результаты:

	Данные предоставлены Центром биомембранных исследований города Стокгольма

Документы и презентации

• М.С. Фредерикс (M. S. Friedrichs), П. Истман (P. Eastman), В. Вайдьянатан (V. Vaidyanathan), М. Хьюстон (M. Houston), С. ЛеГранд (S. LeGrand), А. Л. Беберг (A. L. Beberg), Д.Л. Инсайн (D. L. Ensign), С. М. Бранс (C. M. Bruns), В.С. Пандэ (V. S. Pande). “Ускорение моделирования молекулярной динамики на графических процессорах.M” Журнал вычислительной химии (J. Comp. Chem.), 30(6):864-872. (2009)
• Более подобную информацию об ускорении приложений для вычислений молекулярной динамики при помощи CUDA вы найдете на странице, посвященной молекулярной динамике.

Форумы и обсуждения

• Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ

Конфигурация настольной рабочей станции	Конфигурация центра обработки данных
GPUs 1 Tesla C1060 GPU (CUDA версия GROMACS пока поддерживает только один GPU) CPU и основная память 2.33 GHz x86 CPU >16 GB (4 GB памяти на Tesla C1060 GPU)	Не применимо (CUDA версия GROMACS не поддерживает MPI)

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом Подробнее >		РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU Для вычислений на массивных установках Подробнее >