CUDA-BLASTP на Tesla GPU

CUDA-BLASTP ускоряет работу NCBI BLAST при сканировании баз данных белка при помощи массивно параллельной архитектуры CUDA в графических процессорах NVIDIA Tesla. Пакет ПО CUDA-BLASTP также предлагает утилиту для конвертирования баз данных формата FASTA в файлы, читаемые CUDA-BLASTP.

Закачка и установка

Скачать CUDA-BLASTP
CUDA-BLASTP Readme (Руководство по установке, руководство пользователя)

Данные тестов производительности

CUDA-BLASTP, запущенный на рабочей станции с двумя Tesla C1060 GPU, в 10 раз опережает приложение NCBI BLAST (2.2.22), работающее на Intel i7-920 CPU. Благодаря этому вместо часов на CPU вы затрачиваете минуты при работе с GPU.

Техническая документация

Вскоре будет опубликован технический отчет о CUDA-BLASTP от Наньянского Технологического университета в Сингапуре
Другие публикации, посвященные ускорению приложений в области био-информатики при помощи GPU

Форумы

Сообщества по вычислениям на GPU на сайте GPUcomputing.net

Решения на основе GPU

Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.

РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ

Конфигурация настольного компьютера	Конфигурация центра обработки данных
GPUs 4 вычислительный Tesla C1060 GPU CPU и основная память 2.33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB основной памяти на каждый Tesla C1060 GPU)	Не применимо (CUDA версия AMBER пока не поддерживает MPI)

РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA
Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом

Подробнее >

РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU
Для вычислений на массивных установках

Подробнее >