 |
Подписаться |  |
Делиться ссылкой |
AMBER на Tesla GPU
Моделирование явных решений стице-ячеечной суммы Эвальда (PME) в молекулярной динамике и моделирование неявных решений обобщенных методов Борна (GB) в AMBER поддерживают ускорение на основе CUDA GPU. В комбинации с вычислительным решением Tesla GPU на базе архитектуры CUDA данное ускорение обеспечивает прирост скорости вычислений в 10 раз по сравнению с одиночным четырехядерным CPU.
AMBER on the Tesla MD SimCluster
 |
|
Закачка и установка
- Скачать AMBER 11 (поддержка графических процессоров CUDA)
- Неявные решения методом приближения Борна
- Явные решения PME симуляции в канонических изотермических, изохорических и изобарических системах
- Инструкции по установке.
Данные бенчмарк тестов
The following charts show the acceleration and the scalability when running the explicit solvent PME and implicit solvent GB Benchmarks on a six-core CPU versus Tesla C2070 and Tesla M2090. Подробности вы найдете на странице теста производительности AMBER 11 NVIDIA, которая является собственностью центра супервычислений Сан Диего.
 |
 |
Технические документы, новости и презентации
- Вскоре появятся новые публикации, посвященные GPU-ускорению AMBER 11
- Новейший процессор Tesla M2090 демонстрирует рекордные результаты в моделировании молекулярной динамики в AMBER
- Конференция по GPU-технологиям 2010, “Модернизация в области молекулярной динамики для графических процессоров и CPU кластеров – Скотт Ле Гранд (Scott Le Grand), компания NVIDIA
- Конференция по GPU-технологиям 2010, “Внедрение графических процессоров в основные пакеты для работы в области молекулярной динамики” – Росс Волкер (Ross Walker), Супервычислительный центр Сан-Диего
- Overview of NVIDIA CUDA Support in AMBER- Lessons Learned, Capabilities Gained – Ross Walker, The San Diego Supercomputer Center, from 2009 GPU Technology Conference, SC09.
- Computational Biophysics and Long Range Electrostatics on GPUs – Scott Le Grand, NVIDIA, GTC 2009.
CUDA-Acceleration in Related Verticals
- Accelerating Molecular Dynamics applications using GPUs
- Accelerating Quantum Chemistry applications using GPUs
Форумы и обсуждения
Интервью / Видео
- Конференция по GPU-технологиям 2010, видео ключевой речи генерального директора NVIDIA, Дженсена Хуанга
- SC09 блог на NVIDIA nTersect: NVIDIA CUDA обеспечивает впечатляющие преимущества исследовательскому коду AMBER
Решения на основе GPU
Представлены в качестве настольных персональных решений для супервычислений, способных превзойти 32-нодовый CPU кластер, или кластерного решения, обеспечивающего производительность традиционного суперкомпьютера для ресурсоемких задач при стоимости в 1/10 и потреблении электричества в 1/20. Построенные на основе революционной архитектуры CUDA решения созданы для ускорения научных вычислений.
РЕКОМЕНДУЕМАЯ КОНФИГУРАЦИЯ АППАРАТНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ
| Конфигурация настольной рабочей станции | Конфигурация центра обработки данных |
|
|
 |
 |
|||
|
РЕШЕНИЯ ДЛЯ РАБОЧИХ СТАНЦИЙ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР TESLA
Для персональных супервычислений за вашим рабочим столом
|
РЕШЕНИЯ ДЛЯ ЦЕНТРОВ ОБРАБОТКИ ДАННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ КЛАСТЕРЫ НА TESLA GPU
Для вычислений на массивных установках
|