пресс-центр

GPU и OpenACC ускоряют ведущее приложение геномики для быстрого создания жизненно важных лекарств

16-кратное ускорение программы DNADist помогает Roche и другим фармацевтическим компаниям сократить время разработки лекарств

За дополнительной информацией обращайтесь:
Ирина Шеховцова
NVIDIA Corporation
Тел.: +7 (495) 981 03 00 доб. 10777
E-mail: irinas@nvidia.com

На фото: серповидно-клеточная анемия: здоровая клетка  - слева, больная – справа.
На фото: серповидно-клеточная анемия: здоровая клетка - слева, больная – справа.

ШАНХАЙ – 6 августа, 2012—NVIDIA сегодня объявила о том, что новый стандарт программирования OpenACC позволил китайским ученым значительно ускорить работу приложения по геномике DNADist1, которое используется на ранних стадиях разработки лекарств от таких генетических заболеваний, как синдром Дауна, гемофилия, муковисцидоз и серповидно-клеточная анемия.

С помощью OpenACC компилятора от CAPS исследователи из Шанхайского Университета Цзяотун в 16 раз ускорили приложение DNADist в системе на базе графического процессора NVIDIA® Tesla®, добавив в код приложения всего четыре директивы.

DNADist, приложение для расчета матриц расстояний и изучения генетической связи между различными видами ДНК во времени, позволяет ученым извлекать информацию из последовательностей ДНК при считывании нуклеотидных последовательностей, чтобы лучше понять причины наследственных заболеваний и быстрее найти способы их лечения. Ускорив работу приложения DNADist, ученые смогут изучить больше данных и быстрее получить ценную информацию для поиска более эффективных способов лечения болезни.

OpenACC, стандарт программирования для параллельных вычислений с помощью директив, позволяет миллионам ученых во всем мире направить огромную мощь графических процессоров на свои исследования. Пользователи, как с опытом параллельного программирования, так и без него, получают очень простой способ ускорения своих исследований с помощью знакомых им моделей программирования.

OpenACC и ускорение на GPU впечатлили компанию Roche
OpenACC обеспечивает революционное ускорение работы приложений при минимальных усилиях исследователей и программистов. С помощью OpenACCRoche, одна из крупнейших фармацевтических компаний мира, получила возможность изучать и разрабатывать более эффективные лекарства быстрее и дешевле.

“Я поражен, как быстро и легко OpenACC раскрыл потенциал GPU в DNADist, нашем ключевом приложении, - отмечает Стив Пэн (StevePan), директор проектов в RochePharmaGlobalInformatics. – Вклад GPU в наши разработки бесценен, потому что чем быстрее мы выведем лекарство на рынок (пусть даже на день раньше!), тем больше жизней мы спасем”.

“Для извлечения значимой информации из огромного количества данных, заключенных в последовательностях ДНК, требуется все большая вычислительная мощь, - продолжает Сумит Гупта (SumitGupta), старший директор по бизнесу Tesla в NVIDIA. - OpenACC позволяет ученым легко и быстро направлять огромную производительность графических процессоров на анализ несметного количества генетических данных. Это значительно сокращает время на изучение биологических систем и потенциально ведет к разработке более эффективных препаратов следующего поколения”.

Все больше ученых и инженеров используют компиляторы с поддержкой OpenACC и гибридные системы на базе CPU/GPU для ускорения разнообразных приложений, включая САПР, автоматизирование управление, обработку изображений, материаловедение, молекулярную динамику, квантовую химию и многие другие. Во многих случаях пользователи заявляют о 5-10-кратном приросте скорости и даже больше всего за пару часов работы.

Вэбинар по OpenACC, DNADist – 6 сентября, 2012
Компания CAPS проведет первый бесплатный публичный вэбинар в четверг 6 сентября 2012 года, чтобы продемонстрировать область применения OpenACC и лучшие примеры его использования, а также подробнее рассказать об ускорении приложения DNADist. Чтобы узнать подробнее о вэбинаре и зарегистрироваться, пройдите по ссылке https://www2.gotomeeting.com/register/668751466.

О GPU NVIDIA Tesla
GPU NVIDIA Tesla – это массивно параллельные ускорители, основанные на платформе параллельных вычислений NVIDIA CUDA®. Графические процессоры Tesla созданы с нуля для экономичных, высокопроизводительных вычислений, вычислительной науки и супервычислений, обеспечивая намного более высокую скорость работы широкого круга научных и коммерческих приложений по сравнению с системой на базе CPU. Сегодня процессоры GPU лежат в основе трех из пяти самых мощных в мире суперкомпьютеров.

Подробнее о GPU NVIDIA Tesla смотрите на странице Tesla. Подробнее о CUDA и последнюю версию ПО смотрите на странице CUDA. Смотрите новости NVIDIA, информацию о компании и продуктах, видео, изображения и другую информацию смотрите в новостном разделе NVIDIA newsroom. Следите за новостями NVIDIA в Twitter (@NVIDIATesla).

О компании NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA)открыла миру мощь компьютерной графики с изобретением GPU в 1999 году. На сегодняшний день процессоры NVIDIA обеспечивают мощностью большое число продуктов от смартфонов до суперкомпьютеров. Мобильные процессоры NVIDIA используются в сотовых телефонах, планшетах и информационно-развлекательных системах. Геймеры доверяют GPU, так как они позволяют погрузиться в невероятные миры. Профессионалы используют их для создания визуальных эффектов в кино и проектирования, начиная от гольф-клубов и заканчивая авиалайнерами. Исследователи работают с GPU для расширения границ наук при помощи высокопроизводительных вычислений. Компания обладает более 5 000 патентами по всему миру, включая те, что легли в основу современных вычислений. Подробнее смотрите www.nvidia.ru.

Отдельные заявления данного пресс-релиза, включая, но не ограничиваясь ими, упоминающие о влиянии и преимуществах NVIDIA Tesla GPU; а также о влиянии патентов компании на современные вычисления, приводятся с расчетом на будущее и могут изменяться в результате обстоятельств и рисков, приводящих к результатам, материально отличным от ожидаемых. Такие обстоятельства и риски включают разработку более быстрой или эффективной технологии, использование CPU для параллельных вычислений, конструкторские, производственные или программные ошибки, влияние технологического развития и конкуренции, изменения в предпочтениях и требованиях покупателей, выбор других стандартов или продуктов конкурентов покупателями, изменения в стандартах отрасли и интерфейсах, неожиданное снижение производительности наших продуктов или технологий при интеграции в системы, а также другие риски, указываемые время от времени в отчетах, которые NVIDIA отсылает в Комиссию по ценным бумагам и биржевым операциям, включая отчет по форме 10-Q за финансовый период, закончившийся 29 апреля 2012 года. Копии отчетов для SEC опубликованы на нашем сайте и доступны у NVIDIA бесплатно. Данные, относящиеся к будущему заявлению, не относятся к будущей производительности, а только к текущему моменту, и, кроме случаев, установленных законом, NVIDIA не несет ответственность за обновление таких заявлений, чтобы отразить будущие события или обстоятельства.

###

© Компания NVIDIA®, 2012. Все права защищены. NVIDIA, логотип NVIDIA, Tesla и CUDA являются товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками компании NVIDIA в США и/или других странах. Все другие названия компаний и/или продуктов могут являться товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками соответствующих владельцев. Функции, цены, наличие и спецификации могут быть изменены без предупреждения.

_____________________________________________

1 DNADist – это часть пакета программ с открытым исходным кодом Phylip (PHYLogeny Inference Package), которые используют ученые в бионауках, и в первую очередь в филогении. Источник: http://en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP