Новые, оптимизированные под GPU приложения, сайт сообщества и сконфигурированные системы на базе Tesla уже доступны ученым

САНТА-КЛАРА, КАЛИФОРНИЯ — 14 ЯНВАРЯ, 2010 — NVIDIA представляет систему Tesla Bio Workbench, которая позволяет ученым раздвинуть границы биологических исследований, превратив стандартный ПК в вычислительную лабораторию, способную обрабатывать сложные биологические коды в таких областях, как создание лекарств и определение последовательности DNA, со скоростью в 10-20 раз выше благодаря графическим процессорам NVIDIA® Tesla™.

Tesla Bio Workbench включает следующее:

• Набор оптимизированных под GPU бионаучных приложений для исследований в области молекулярной динамики и квантовой химии, включая AMBER, GROMACS, LAMMPS, NAMD, TeraChem, VMD, и приложения биоинформатики, такие как CUDASW++ (Smith-Waterman), GPU-HMMER и MUMmerGPU.

• Сайт сообщества для загрузки приложений, проверки последних результатов тестов, чтения научных материалов и пособий, обсуждения на форумах с разработчиками приложений и многое другое.

• Подробная информация по рабочим станциям и кластерам на базе Tesla GPU для простой установки данных приложений.

Традиционно ученые проводят эксперименты в лабораториях, где соединяют вещества, изучают новые свойства и измеряют эффективность. Прогресс в вычислительной науке позволяет сейчас проводить такие эксперименты с помощью симуляций в области молекулярной динамики и квантовой химии, однако для них нужны огромные суперкомпьютеры с тысячами центральных процессоров (CPU).

Благодаря массивно-вычислительной архитектуре CUDA™ графических процессоров NVIDIA такие приложения можно ускорить в 10-20 раз — это значит, что даже ПК с GPU Tesla теперь может легко обогнать суперкомпьютер.

Цитаты:

«Мы работаем над новой техникой на базе GPU в приложении для визуализации в области молекулярной динамики, которая изучает, как маленькие молекулы, такие как кислород или CO2, мигрируют в белки. Эти исследования важны для изучения механизмов ферментативной реакции», — сказал Джон Стоун (John Stone), старший программист в Университете Иллинойса в Урбана-Кампейн. «Симуляции, которые занимают один день на рабочей станции с GPU, раньше длились 30 дней на машине с CPU, что непрактично для настоящих исследований».

«TeraChem — это мощный пакет по молекулярному моделированию, с помощью которого можно просчитать состав новых лекарств, при этом не тратя время не синтез бесперспективных кандидатов», — сказал Тодд Мартинез (Todd Martinez), профессор по физической и теоретической химии в Стэнфордском Университете. «С помощью TeraChem вычисления, раньше занимавшие несколько дней или даже недель на кластере, теперь быстро выполняются на рабочих станциях с GPU NVIDIA. Это позволяет нам мгновенно проводить тщательную фильтрацию результатов и ускорить процесс создания лекарств».

«Используя AMBER для симуляции гидролиза ферментов целлюлозы, Cellobiohydrolaze-I, который является ключевым компонентом для повышения эффективности производства этанола, мы обнаружили, что производительность одного GPU NVIDIA эквивалентна кластеру из 10 узлов», — сказал Росс Уолкер (Ross Walker), профессор из суперкомпьютерного центра Сан-Диего, UC San Diego.

«В нашем центре ученые используют GPU-приложения по молекулярной динамики NAMD, чтобы изучить, как клетки вирусов реагируют на разные вещества, включая изучение эффективности действия лекарств на вирус H1N1», — сказал Клаус Шултен (Klaus Schulten), профессор физики, директор службы NIH по молекулярному моделированию и биоинформатики и содиректор Центра NSF по физике живых клеток в Университете Иллинойса в Урбана-Кампейн. «Приложение NAMD работает на рабочей станции с 4 GPU быстрее, чем в группе серверов с 16 CPU».

«Одна из приоритетных задач в молекулярных симуляциях — это автоматическая проверка лекарств. Мы традиционно использовали GROMACS для вычислений привязки лекарств к мембранным белкам на больших кластерах, но это дорогой и сложный способ», — сказал Эрик Линдал (Erik Lindahl), адъюнкт-профессор в Центре Биомембранных Исследований в Стокгольмском Университете. «Сейчас мы добавляем GPU, потому что один GPU в 4-5 раз быстрее CPU в большинстве обычных симуляций. Мы думаем, что уже через несколько лет рабочие станции с несколькими картами займут большую часть рынка, и именно поэтому мы видим в компании NVIDIA очень важного партнера».

Полезные ссылки / Видео:

• Веб-ссылки:
  Сайт по Tesla Bio Workbench
  Вычислительные продукты с GPU
  
  
• Видео-ссылки:
  Росс Уолкер рассказывает про AMBER на GPU
  Клаус Шултен рассказывает про вычисления, связанные с вирусом H1N1 на GPU
  Университет Temple рассказывает о разработке новых шампуней в HOOMD
  Джон Стоун рассказывает о VMD на GPU

О компании NVIDIA
Компания NVIDIA (Nasdaq: NVDA) — лидер в области технологий программируемой графики и изобретатель GPU — высокопроизводительного процессора, который генерирует захватывающую интерактивную графику на рабочих станциях, персональных компьютерах, игровых приставках и мобильных устройствах. NVIDIA поставляет свои GeForce® GPU продукты на рынок развлечений и потребительский рынок, продукты Quadro GPU предназначены для рынка профессионального дизайна и визуализации, а компьютерные решения Tesla™ поставляются на рынок вычислений, требующих высокой производительности. Главный офис NVIDIA расположен в Санта-Клара, Калифорния, а филиалы компании находятся в Азии, Европе и Америке.

# # #

Отдельные заявления данного пресс-релиза, включая, но не ограничиваясь ими, упоминающие о преимуществах, особенностях, влиянии и возможностях Tesla Bio Workbench, процессоров NVIDIA Tesla и архитектуры CUDA, приводятся с расчетом на будущее и могут изменяться в результате обстоятельств и рисков, приводящих к результатам, материально отличным от ожидаемых. Такие обстоятельства и риски включают разработку более быстрой или эффективной технологии, использование CPU для параллельных вычислений, конструкторские, производственные или программные ошибки, влияние технологического развития и конкуренции, изменения в предпочтениях и требованиях покупателей, выбор других стандартов или продуктов конкурентов покупателями, изменения в стандартах отрасли и интерфейсах, неожиданное снижение производительности наших продуктов или технологий при интеграции в системы, а также другие риски, указываемые время от времени в отчетах, которые NVIDIA отсылает в Комиссию по ценным бумагам и биржевым операциям, включая отчет по форме 10-Q за финансовый период, закончившийся 25 октября 2009 года. Копии отчетов для SEC опубликованы на нашем сайте и доступны у NVIDIA бесплатно. Данные, относящиеся к будущему заявлению, не относятся к будущей производительности, а только к текущему моменту, и, кроме случаев, установленных законом, NVIDIA не несет ответственность за обновление таких заявлений, чтобы отразить будущие события или обстоятельства.

© Компания NVIDIA®, 2009. Все права защищены. NVIDIA, логотип NVIDIA, Tesla и CUDA являются товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками компании NVIDIA в США и/или других странах. Все другие названия компаний и/или продуктов могут являться товарными знаками и/или зарегистрированными товарными знаками соответствующих владельцев. Функции, цены, наличие и спецификации могут быть изменены без предупреждения.