Молекулярная динамика
Использование массивно параллельной архитектуры NVIDIA GPU позволяет получать превосходные результаты при работе с приложениями в сфере молекулярной динамики. Диаграммы ниже представляют результаты работы с VMD и программными пакетами, используемыми в области молекулярной динамики, такими как NAMD и HOOMD.
Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.
 |
 |
| Расположение иона в VMD Stone, Phillips, Hardy, Schulten |
HOOMD на 1 NVIDIA GPU работает быстрее, чем LAMMPS на 16 ядрах CPU Anderson, Lorenz, Travesset |
 |
|
Загрузите ПО для работы с молекулярной динамикой при помощи CUDA
- Подробнее о GPU-ускорении в VMD
- NAMD 2.7 Beta 2 с CUDA-ускорением
- HOOMD: Высоко оптимизированная объектно-ориентированная молекулярная динамика
- MDGPU
- LAMMPS GPU порт
- GPUGrid.net
- Библиотека OpenMM для ускорения молекулярной динамики на GPU
- GROMACS с использованием OpenMM
- ПО для работы с биомолекулярной динамикой ACEMD
- AMBER CUDA порт
- BigDFT : DFT (Теория функции плотности) код электронной структуры -- Статья PDF
- TeraChem: Первый код для квантовой химии, написанный с нуля, для графических процессоров с поддержкой CUDA
Технические отчеты, посвященные вычислительной химии на CUDA
- CUDA туториал с конференции по супервычислениям’08 с NAMD и VMD
- Публикации, посвященные NAMD и VMD
- Реализация метода стице-ячеечной суммы Эвальда на GPU
- Ускорение симуляций в молекулярной динамике при помощи AMBER с GPU-ускорением
- Публикации о HOOMD
- Флюорисцентная микроскопия
- Использование графической мощи для симуляций в молекулярной динамике
- Folding @ home (Работа с GROMACS)
- Молекулярная динамика от Ascalaph
Презентации
Сессии с конференции по GPU технологиям
- Основное выступление : Наука с высокой производительностью, Ханспитер Фистер (Hanspeter Pfister), Университет Гарварда
- Молекулярная динамика в AMBER с GPU-ускорением, Исследовательский институт Скрипс и Центр супервычислений Сан-Диего
- Визаулизация и анализ данных в VMD с GPU-ускорением, Университет штата Иллинойс, Урбана-Кампэйн
- Вычислительная биофизика и электростатика широкого диапазона на GPU, NVIDIA
- Бесплатные вычисления на GPU: Бесплатные петафлопы, Университет Калифорнии в Беркли
- Использование GPU для хирургической подготовки и предоперационного планирования, CSIRO
- Решение обыкновенных дифференциальных уравнений, описывающих уравнения сердечной мембраны, Университет Калифорнии в Сан-Диего
- Реконструкция работы мозга : моделирование нейронных сетей при помощи CUDA и MPI, Университет Гарварда
- Реализация возможностей компьютерного видения в биологии: высокопроизводительный подход, Массачусетский технологический институт
- Масштабная симуляция решеток в квантовой хромо динамике (QCD) при помощи GPU кластера, Национальный Университет Тайваня
Презентации с SC09
- Описание поддержки NVIDIA CUDA в AMBER- Выученные уроки, приобретенные возможности – Росс Уолкер (Ross Walker), центр супервычислений Сан-Диего, с Конференции по GPU технологиям 2009
- Ускорение симуляции частиц в LAMMPS при помощи GPU, Пол Козье (Paul Crozier), Национальная лаборатория Сандия
- Ускорение приложений для молекулярного моделирования при помощи вычислений на GPU – Джон Стоун (John Stone), Институт продвинутой науки и технологии Бекмана в Университете штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн
