Молекулярная динамика

Использование массивно параллельной архитектуры NVIDIA GPU позволяет получать превосходные результаты при работе с приложениями в сфере молекулярной динамики. Диаграммы ниже представляют результаты работы с VMD и программными пакетами, используемыми в области молекулярной динамики, такими как NAMD и HOOMD.

Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.

Молекулярная динамика вAMBER San Diego Supercomputing Center	Масштабирование NAMD для работы в GPU-кластере Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

* Ожидаемое увеличение скорости в сравнении с четырехъядерной системой на базе CUDA. Увеличение скорости согласно внутреннему тестированию NVIDIA или документации поставщика приложения.

Загрузите ПО для работы с молекулярной динамикой при помощи CUDA

• Подробнее о GPU-ускорении в VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 с CUDA-ускорением
• HOOMD: Высоко оптимизированная объектно-ориентированная молекулярная динамика
• MDGPU
• LAMMPS GPU порт
• GPUGrid.net
• Библиотека OpenMM для ускорения молекулярной динамики на GPU
• GROMACS с использованием OpenMM
• ПО для работы с биомолекулярной динамикой ACEMD
• AMBER CUDA порт
• BigDFT : DFT (Теория функции плотности) код электронной структуры -- Статья PDF
• TeraChem: Первый код для квантовой химии, написанный с нуля, для графических процессоров с поддержкой CUDA

Технические отчеты, посвященные вычислительной химии на CUDA

• Ускорение VASP: Ускорение обработки электронных структур методом плоских волн при помощи графических процессоров
• CUDA туториал с конференции по супервычислениям'08 с NAMD и VMD
• Публикации, посвященные NAMD и VMD
• Реализация метода стице-ячеечной суммы Эвальда на GPU
• Ускорение симуляций в молекулярной динамике при помощи AMBER с GPU-ускорением
• Публикации о HOOMD
• Флюорисцентная микроскопия
• Использование графической мощи для симуляций в молекулярной динамике
• Folding @ home (Работа с GROMACS)
• Молекулярная динамика от Ascalaph

Презентации

Сессии с конференции по GPU технологиям

• Основное выступление : Наука с высокой производительностью, Ханспитер Фистер (Hanspeter Pfister), Университет Гарварда
• Молекулярная динамика в AMBER с GPU-ускорением, Исследовательский институт Скрипс и Центр супервычислений Сан-Диего
• Визаулизация и анализ данных в VMD с GPU-ускорением, Университет штата Иллинойс, Урбана-Кампэйн
• Вычислительная биофизика и электростатика широкого диапазона на GPU, NVIDIA
• Бесплатные вычисления на GPU: Бесплатные петафлопы, Университет Калифорнии в Беркли
• Использование GPU для хирургической подготовки и предоперационного планирования, CSIRO
• Решение обыкновенных дифференциальных уравнений, описывающих уравнения сердечной мембраны, Университет Калифорнии в Сан-Диего
• Реконструкция работы мозга : моделирование нейронных сетей при помощи CUDA и MPI, Университет Гарварда
• Реализация возможностей компьютерного видения в биологии: высокопроизводительный подход, Массачусетский технологический институт
• Масштабная симуляция решеток в квантовой хромо динамике (QCD) при помощи GPU кластера, Национальный Университет Тайваня

Презентации с SC09

• Описание поддержки NVIDIA CUDA в AMBER- Выученные уроки, приобретенные возможности – Росс Уолкер (Ross Walker), центр супервычислений Сан-Диего, с Конференции по GPU технологиям 2009
• Ускорение симуляции частиц в LAMMPS при помощи GPU, Пол Козье (Paul Crozier), Национальная лаборатория Сандия
• Ускорение приложений для молекулярного моделирования при помощи вычислений на GPU – Джон Стоун (John Stone), Институт продвинутой науки и технологии Бекмана в Университете штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн

• Вычислительная химия
• Создание медицинских изображений
• Биоинформатика и биологические науки
• Ускорение MATLAB

• Другие вертикальные решения Tesla
• Инструменты для разработки и библиотеки CUDA