CUDA в действии

CUDA + Исследования

Значительное ускорение моделирования вирусов

		Вирусы, возбудители многих болезней, являются самыми маленькими известными живыми организмами на планете. В силу простоты строения и маленького размера вирусов исследователи в области вычислительной биологии выбрали их для своей первой попытки создать полную модель формы жизни при помощи компьютера, выбрав для своих экспериментов один из самых крошечных вирусов - вирус табачной мозаики. Они использовали программу под названием NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics), разработанную Университетом Иллинойса в Урбане-Шампэйн, для моделирования вируса в капле соленой воды.
Обзор STMV, показывает защитную оболочку, заключающую геном вируса.	Двадцатигранное представление защитной оболочки вируса STMV.

Работа NAMD была ускорена почти в 12 раз благодаря CUDA™ и в целом показала прирост скорости в 330 раз по сравнению с одноядерным CPU при запуске на кластере с GPU-ускорением в Национальном центре суперкомпьютерных приложений (NCSA). Исследователи оптимистичны в своих оценках и уверенны, что этот шаг будет способствовать развитию современной медицины и обеспечит лучшее понимание и лечение вирусных болезней.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Месторасположение ионов (оранжевые), содержащих геном вируса, схема расположения построена при использовании программы с поддержкой CUDA-ускорения.