Вычислительная химия
На данный момент существует несколько проектов по ускорению работы приложений в области квантовой химии благодаря использованию GPU с поддержкой CUDA, среди них – Gaussian и GAMESS. На диаграммах ниже вы видите показательные результаты с ссылками на программные и технические отчеты об ускорении расчетов в вычислительной химии при помощи CUDA.
Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.
 |
 |
| Прямые вычисления самосогласованного поля Ufimtsev и Martinez |
Вычисление двухэлектронного интеграла Кодзи Ясуда |
 |
|
Загрузите ПО для работы с молекулярной динамикой при помощи CUDA
- Подробнее о GPU-ускорении в VMD
- NAMD 2.7 Beta 2 с CUDA-ускорением
- HOOMD: Высоко оптимизированная объектно-ориентированная молекулярная динамика
- Библиотека OpenMM для ускорения молекулярной динамики на GPU
- GROMACS с использованием OpenMM
- AMBER CUDA порт
- LAMMPS GPU порт
- TeraChem: Первый код для квантовой химии, написанный с нуля, для графических процессоров с поддержкой CUDA
- ACE-MD
- MDGPU
- GPUGrid.net
- BigDFT : DFT (Теория функции плотности) код электронной структуры -- Статья PDF
- ПК GAMESS на CUDA
- Работа Тодда Мартинеса (Todd Martinez) по квантовой химии на GPU
- Q-Chem на CUDA
- Реализация метода стице-ячеечной суммы Эвальда на GPU
- Двухэлектронная интегральная оценка на GPU
- Ускорение фрагментарного MO (FMO) метода при помощи CUDA
- Публикации, посвященные NAMD и VMD
- Молекулярная динамика на сетке GPU
Сессии с конференции по GPU технологиям
- Основное выступление : Наука с высокой производительностью, Ханспитер Фистер (Hanspeter Pfister), Университет Гарварда
- Молекулярная динамика в AMBER с GPU-ускорением, Исследовательский институт Скрипс и Центр супервычислений Сан-Диего
- Визаулизация и анализ данных в VMD с GPU-ускорением, Университет штата Иллинойс, Урбана-Кампэйн
- Вычислительная биофизика и электростатика широкого диапазона на GPU, NVIDIA
- Бесплатные вычисления на GPU: Бесплатные петафлопы, Университет Калифорнии в Беркли
- Использование GPU для хирургической подготовки и предоперационного планирования, CSIRO
- Решение обыкновенных дифференциальных уравнений, описывающих уравнения сердечной мембраны, Университет Калифорнии в Сан-Диего
- Реконструкция работы мозга : моделирование нейронных сетей при помощи CUDA и MPI, Университет Гарварда
- Реализация возможностей компьютерного видео на основе биологии: высокопроизводительный подход, Массачусетский технологический институт
- Масштабная симуляция решеток в квантовой хромо динамике (QCD) при помощи GPU кластера, Национальный Университет Тайваня
- Описание поддержки NVIDIA CUDA в AMBER- Выученные уроки, приобретенные возможности– Росс Уолкер (Ross Walker), центр супервычислений Сан-Диего, с Конференции по GPU технологиям 2009
- Ускорение симуляции частиц в LAMMPS при помощи GPU, Пол Козье (Paul Crozier), Национальная лаборатория Сандия
- Ускорение приложений для молекулярного моделирования при помощи вычислений на GPU – Джон Стоун (John Stone), Институт продвинутой науки и технологии Бекмана в Университете штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн
