Вычислительная химия

На данный момент существует несколько проектов по ускорению работы приложений в области квантовой химии благодаря использованию GPU с поддержкой CUDA, среди них – Gaussian и GAMESS. На диаграммах ниже вы видите показательные результаты с ссылками на программные и технические отчеты об ускорении расчетов в вычислительной химии при помощи CUDA.

Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.

Прямые вычисления самосогласованного поля Ufimtsev и Martinez	Вычисление двухэлектронного интеграла Кодзи Ясуда

* Ожидаемое увеличение скорости в сравнении с четырехъядерной системой на базе CUDA. Увеличение скорости согласно внутреннему тестированию NVIDIA или документации поставщика приложения.

КУПИ ПЕРСОНАЛЬНЫЙ СУПЕРКОМПЬЮТЕР УЖЕ СЕГОДНЯ Приобретайте персональные суперкомпьютеры NVIDIA Tesla у реселлеров.

Загрузите ПО для работы с молекулярной динамикой при помощи CUDA

• Подробнее о GPU-ускорении в VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 с CUDA-ускорением
• HOOMD: Высоко оптимизированная объектно-ориентированная молекулярная динамика
• Библиотека OpenMM для ускорения молекулярной динамики на GPU
• GROMACS с использованием OpenMM
• AMBER CUDA порт
• LAMMPS GPU порт
• TeraChem: Первый код для квантовой химии, написанный с нуля, для графических процессоров с поддержкой CUDA
• ACE-MD
• MDGPU
• GPUGrid.net
• BigDFT : DFT (Теория функции плотности) код электронной структуры -- Статья PDF
• ПК GAMESS на CUDA

• Работа Тодда Мартинеса (Todd Martinez) по квантовой химии на GPU
• Q-Chem на CUDA
• Реализация метода стице-ячеечной суммы Эвальда на GPU
• Двухэлектронная интегральная оценка на GPU
• Ускорение фрагментарного MO (FMO) метода при помощи CUDA
• Публикации, посвященные NAMD и VMD
• Молекулярная динамика на сетке GPU

• Основное выступление : Наука с высокой производительностью, Ханспитер Фистер (Hanspeter Pfister), Университет Гарварда
• Молекулярная динамика в AMBER с GPU-ускорением, Исследовательский институт Скрипс и Центр супервычислений Сан-Диего
• Визаулизация и анализ данных в VMD с GPU-ускорением, Университет штата Иллинойс, Урбана-Кампэйн
• Вычислительная биофизика и электростатика широкого диапазона на GPU, NVIDIA
• Бесплатные вычисления на GPU: Бесплатные петафлопы, Университет Калифорнии в Беркли
• Использование GPU для хирургической подготовки и предоперационного планирования, CSIRO
• Решение обыкновенных дифференциальных уравнений, описывающих уравнения сердечной мембраны, Университет Калифорнии в Сан-Диего
• Реконструкция работы мозга : моделирование нейронных сетей при помощи CUDA и MPI, Университет Гарварда
• Реализация возможностей компьютерного видео на основе биологии: высокопроизводительный подход, Массачусетский технологический институт
• Масштабная симуляция решеток в квантовой хромо динамике (QCD) при помощи GPU кластера, Национальный Университет Тайваня

• Описание поддержки NVIDIA CUDA в AMBER- Выученные уроки, приобретенные возможности– Росс Уолкер (Ross Walker), центр супервычислений Сан-Диего, с Конференции по GPU технологиям 2009
• Ускорение симуляции частиц в LAMMPS при помощи GPU, Пол Козье (Paul Crozier), Национальная лаборатория Сандия
• Ускорение приложений для молекулярного моделирования при помощи вычислений на GPU – Джон Стоун (John Stone), Институт продвинутой науки и технологии Бекмана в Университете штата Иллинойс в Урбана-Кампэйн

• Молекулярная динамика
• Ускорение MATLAB
• Биоинформатика и биологические науки

• Другие вертикальные решения Tesla
• Инструменты для разработки и библиотеки CUDA