Биоинформатика и биомедицина
Определение последовательности аминокислотных остатков в белках и выравнивание белка являются очень ёмкими вычислительными задачами, которые получают большую выгоду в производительности при использовании графического процессора с архитектурой CUDA. Здесь представлена небольшая часть работы, требующей использования графических процессоров для биоинформатики и биомедицины.
Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.
 |
 |
| Ускорение HMMER с использованием GPU Масштабируемая информатика |
MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием GPU Schatz, et al |
Биоинформационное программное обеспечение, использующее CUDA
- GPU HMMER : HMMER на GPU с архитектурой CUDA
- MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием CUDA
- CUDASW++ : Сканирование базы данных белков (Смит-Уотерман) при использовании графических процессоров с поддержкой CUDA
- Код Смита-Уотермана на GPU
- Код Смита-Уотремана онлайн
- ClustalW на CUDA: Выравнивание множественных последовательностей при помощи CUDA
- Свёртывание @ домашнее использование GPU с архитектурой CUDA
- LISSOM: модель коры головного мозга человека использующая архитектуру CUDA
- AutoDock от Silicon Informatics на основе архитектуры CUDA
Технические отчёты использования технологии CUDA в биоинформатике
- Выравнивание последовательности
- MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием CUDA
- CUDASW++: Поиск последовательности в базе данных в соответствии с алгоритмом Смита-Уотермана
- Алгоритм выравнивания Смита-Ватермана с использованием CUDA
- Публикации, посвященные биоинформатике на CUDA
- Infernal-GPU: выравнивание RNA ускоренное технологией CUDA, Infernal (INFERence of RNA Alignment)
- Выравнивание последовательности SWAMP
- CMatch: быстрое генное и белковое сопоставление
- Стыковка
- Трёхмерная стыковка белка
- Ускорение PIPER за счёт технологии CUDA:
- Стыковка белков в Висконсинском Университете и видео интервью Дэвида Динермана (David Dynerman)
- Джек Коллинс (Jack Collins) из Национального Института Рака рассказывает о GPU вычислениях
- Стохастический алгоритм моделирования (SSA) для биологических систем
- Самоорганизующиеся визуальные вычислительные модели коры головного мозга человека
- Утилита DNA Microarray для оценки проявления генов путём расчёта евклидовой дисстанции между парами на GPU
Ускорение CUDA в родственных областях
Читайте также
