Tesla
ИНФОРМАЦИЯ О ПРОДУКТЕ
ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ИНФОРМАЦИЯ
ССЫЛКИ ПО ТЕМЕ

Биоинформатика и биомедицина

 
 

Определение последовательности аминокислотных остатков в белках и выравнивание белка являются очень ёмкими вычислительными задачами, которые получают большую выгоду в производительности при использовании графического процессора с архитектурой CUDA. Здесь представлена небольшая часть работы, требующей использования графических процессоров для биоинформатики и биомедицины.

Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.

BGI ускоряет геномный анализ, используя графические процессоры
Узнайте, каким образом Китайский центр геномных исследований BGI использовал графические процессоры Tesla для ускорения процесса определения последовательности ДНК.

Читайте другие истории успеха.

Bio Informatics Life Sciences Hmmer Bio Informatics Life Sciences DNA
Ускорение HMMER с использованием GPU
Масштабируемая информатика
MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием GPU
Schatz, et al

Основные независимые поставщики ПО (НППО) в области биоинформатики и приложения с поддержкой CUDA

НППО/ Application Поддерживаемые возможности Ожидаемое ускорение работы* Статус версии
GPU-Blast Выравнивание белка, работа с несколькими белками в 10 раз Выпущена
PIPER Protein Docking Метод молекулярного дока в 17 раз Выпущена
SeqNFind Алгоритм Смита Ватермана (Smith-Waterman) в 60 раз Выпущена
UGene Выравнивание последовательностей коротких ДНК по методу Смита Ватермана (Smith Waterman) в 9 раз Выпущена
CUDASW++ Алгоритм Смита Ватермана (Smith-Waterman) от 10 до 50 раз Выпущена
GPU HMMER Средство поиска Скрытой Марковской Модели (СММ) от 60 до 100раз Выпущена

*Ожидаемое увеличение скорости в сравнении с четырехъядерной системой на базе CUDA. Увеличение скорости согласно внутреннему тестированию NVIDIA или документации поставщика приложения.


Биоинформационное программное обеспечение, использующее CUDA

Технические отчёты использования технологии CUDA в биоинформатике

Ускорение CUDA в родственных областях

Читайте также