Определение последовательности аминокислотных остатков в белках и выравнивание белка являются очень ёмкими вычислительными задачами, которые получают большую выгоду в производительности при использовании графического процессора с архитектурой CUDA. Здесь представлена небольшая часть работы, требующей использования графических процессоров для биоинформатики и биомедицины.

Новая программа NVIDIA Tesla Bio Workbench обеспечивает ученых в области биофизики и вычислительной химии инструментами, позволяющими расширять границы биохимических исследований, оптимизируя научную работу и ускоряя проведение исследований. Подробнее.

BGI ускоряет геномный анализ, используя графические процессоры
Узнайте, каким образом Китайский центр геномных исследований BGI использовал графические процессоры Tesla для ускорения процесса определения последовательности ДНК.

Читайте другие истории успеха.

Ускорение HMMER с использованием GPU Масштабируемая информатика	MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием GPU Schatz, et al

Основные независимые поставщики ПО (НППО) в области биоинформатики и приложения с поддержкой CUDA

*Ожидаемое увеличение скорости в сравнении с четырехъядерной системой на базе CUDA. Увеличение скорости согласно внутреннему тестированию NVIDIA или документации поставщика приложения.

Биоинформационное программное обеспечение, использующее CUDA

• MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием CUDA
• Код Смита-Уотермана на GPU
• Код Смита-Уотремана онлайн
• ClustalW на CUDA: Выравнивание множественных последовательностей при помощи CUDA
• Свёртывание @ домашнее использование GPU с архитектурой CUDA
• LISSOM: модель коры головного мозга человека использующая архитектуру CUDA
• AutoDock от Silicon Informatics на основе архитектуры CUDA

Технические отчёты использования технологии CUDA в биоинформатике

• Выравнивание последовательности
• MUMmerGPU: высокая скорость выравнивания последовательности ДНК с использованием CUDA
• CUDASW++: Поиск последовательности в базе данных в соответствии с алгоритмом Смита-Уотермана
• Алгоритм выравнивания Смита-Ватермана с использованием CUDA
• Публикации, посвященные биоинформатике на CUDA
• Infernal-GPU: выравнивание RNA ускоренное технологией CUDA, Infernal (INFERence of RNA Alignment)
• Выравнивание последовательности SWAMP
• CMatch: быстрое генное и белковое сопоставление

• Стыковка
• Трёхмерная стыковка белка
• Ускорение PIPER за счёт технологии CUDA
• Стыковка белков в Висконсинском Университете и видео интервью Дэвида Динермана (David Dynerman)
• Джек Коллинс (Jack Collins) из Национального Института Рака рассказывает о GPU вычислениях
• Высокопроизводительный вычислительный конвейер для анализа метагеномных данных
• Программа MrBayes на GPU
• Стохастический алгоритм моделирования (SSA) для биологических систем
• Самоорганизующиеся визуальные вычислительные модели коры головного мозга человека
• Утилита DNA Microarray для оценки проявления генов путём расчёта евклидовой дисстанции между парами на GPU

Ускорение CUDA в родственных областях

• Медицинская графика
• Молекулярная динамика
• Компьютерная химия
• Ускорение MATLAB

Читайте также

• Другие вертикальные решения Tesla
• Инструменты и библиотеки для CUDA-разработок